Деятельностью Российского государственного педагогического университета им. А.И. Герцена руководит доктор физико-математических наук, профессор, академик РАО Геннадий Алексеевич Бордовский.
Для коллективной выработки исполнительских решений по вопросам деятельности университета в 2005 году продолжил свою работу ректорат, сформированный из числа должностных лиц университета, в количестве 17 человек.