Обучающегося по направлению подготовки 05.04.06 Экология и природопользование, направленность (профиль) «Экологические основы охраны природы» готовят к научно-исследовательской и организационно-управленческой профессиональной деятельности. В процессе обучения на данной программе магистрант научится на основе анализа имеющихся сведений определять проблемы, задачи и методы научного исследования в области экологии, обрабатывать полученные данные, формулировать выводы и давать практические рекомендации в соответствии с полученными результатами.
Учебный план данной программы предусматривает прохождение на первом курсе производственной (научно-педагогической) практики, а на втором - производственной (научно-исследовательской и преддипломной) практики. Кроме того, предусмотрен значительный объём научно-исследовательской работы в семестрах. Для прохождения практик магистранты направляются на кафедры факультета биологии или в базовые учреждения, такие как ФГБУН Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН, ФГБУН Институт физиологии им. И.П. Павлова РАН, ФГБУ «Центр лабораторного анализа и технических измерений по Северо-Западному Федеральному округу» и другие известные научно-исследовательские и научно-производственные организации.
Для проведения лекционных и практических занятий используются компьютерный класс и мультимедийный зал, которые обеспечивают высокоскоростной доступ к компьютерной сети университета и выход в Интернет. Лабораторные занятия проводятся в специализированных кабинетах кафедр, а также в учебных лабораториях факультета биологии, химии и физики. В процессе обучения задействованы зоологический и анатомический музеи, а также гербарный фонд кафедры ботаники и экологии. Для научно-исследовательской работы обучающихся организованы учебно-исследовательские лаборатории кафедр анатомии и физиологии человека и животных, ботаники и экологии, студенческая лаборатория кафедры зоологии и генетики.
В процессе подготовки магистров принимают участие доктора и кандидаты наук, известные специалисты в области биологии и экологии.
Важным конкурентным преимуществом выпускника является то, что степень магистра позволяет ему продолжить обучение в аспирантуре и получить учёную степень кандидата наук.

Полученная подготовка позволяет выпускнику выполнять должностные обязанности научного сотрудника, работать в проектных, научно-исследовательских, производственных, юридических экспертных отделах, департаментах, компаниях, институтах в сфере экологии и природопользования, организациях экологического аудита и маркетинга, учреждениях, осуществляющих мониторинг окружающей среды и экологическую экспертизу, участвовать в разработке практических рекомендаций по сохранению природной среды.